Hoe de LOD-score te berekenen

De LOD-score, of logaritmes

Inhoud

Stappen

Methode 1wanneer het nageslacht klein is
Methode 2wanneer de grootte van het nageslacht groot is

Tips
Dingen die je nodig hebt

van scoringsalariteiten, het is een test statistiek gebruikt in de genetische koppeling analyse. De LOD-score vergelijkt de waarschijnlijkheid van het verkrijgen van de testgegevens als de twee loci gekoppeld zijn aan de waarschijnlijkheid van het verkrijgen van de testgegevens als de twee loci niet gekoppeld zijn.

stappen

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 1

Er zijn twee gevallen om de LOD-score te berekenen. De meest gebruikte is wanneer je een klein aantal nakomelingen hebt. Gebruik in dat geval de volgende methode genaamd "wanneer de grootte van het nageslacht klein is". Als de grootte klein en de nakomelingen van mening dat het aantal recombinante en niet-recombinante precies vertegenwoordigen de genetische afstand tussen twee genen (die zelden in menselijke genetica) volgens de methode als titel "wanneer de grootte van het nageslacht groot is" .

Methode 1
Wanneer het nageslacht klein is

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 2

Het veronderstelt een bepaalde genetische afstand tussen twee genen (tussen 0 en 0 en 50 cM). Stel dat u de genetische afstand (r) als 0,1 neemt.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 3

Het gaat ervan uit dat het 13 mensen heeft, waarvan er 2 recombinanten zijn. De waarschijnlijkheid van niet-recombinanten is 1-r = 1-0,1 = 0,9

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 4

Omdat u elk genotype wilt volgen, deelt u het door 2: (1-r) / 2 = 0,45. De waarschijnlijkheid van de recombinanten zal r / 2 = 0,1 / 2 = 0,05 zijn

De waarschijnlijkheid van data wanneer de twee genen gekoppeld is ((r / 2) ^ R) * (((1-R) / 2) ^ NR) waarin R = NR # recombinant als niet-recombinant = #. De waarschijnlijkheid dat de data wanneer de twee genen gekoppeld is ((0,45) + 11) * ((. 05) ^ 2)

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 4Bullet1

De waarschijnlijkheid van gegevens als de twee genen niet gekoppeld zijn, is (0,25) ^ (R + NR) = (0,25) ^ 13

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 4Bullet2

Nu de logaritme = waarschijnlijkheid (kans data wanneer de twee genen gekoppeld) / (kans gezien als de twee genen gekoppelde). Vervolgens werd de log waarschijnlijkheid = (((0,05) ^ 2) * ((0,45) ^ 11)) / ((0,25) ^ 13) = 25,7

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 4Bullet3

De score van lod is log10 (25.7) = 1.41.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 4Bullet4

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 5

Herhaal dit proces voor r als 0, 0.01, 0.03, 0.05, 0.3 en 0.5.

De maximale waarde van de LOD-score die je krijgt, is het juiste antwoord. De genetische afstand die u hebt aangenomen, is waarschijnlijk de huidige afstand tussen de twee genen van belang.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 5Bullet1

Methode 2
Wanneer de grootte van het nageslacht groot is

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 6

Breng een stamboom tot stand voor twee loci van interesse. Hoe meer gegevens u verzamelt, hoe beter.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 7

Bepaal het aantal recombinanten en het aantal niet-recombinanten. Bijvoorbeeld wordt aangenomen dat A1 en B1 allelen op een locatie uit een ouder, en de A1 en B2 allelen op locatie 2 zijn de andere. Overerving van A2B2 A1B1 of recombinante nakomelingen niet, terwijl overerving van A1B2 en A2B1 progiene recombinant.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 8

Bereken de kans op het verkrijgen van de resultaten ervan uitgaande dat de twee loci gekoppeld zijn. Het wordt gegeven door ((R / (R + NR)) ^ R) * ((1- (R / (R + NR))) ^ NR), waarbij R = aantal recombinanten, NR = aantal niet-recombinant.

In het MNS-bloedgroepsysteem zijn bijvoorbeeld M en S gekoppeld en zijn N en S gekoppeld. We nemen aan dat de 100 willekeurige individuen, 25 haplotypes hebben MS, MS 30 heeft haplotypes, 6 NS haplotypen en 39 hebben Ns haplotipo.Como M en S mensen zijn verbonden en N ys verbonden, MS en Ns niet-recombinante en mevrouw en NS zijn recombinanten.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 8Bullet1

Waardoor het aantal recombinanten = R 6 = 36 = 30, terwijl het aantal niet-recombinant is = N = 25 + 39 = 64. Het recombinante frequentie R / (R + NR) = 36 / (36 + 64) = 0.36.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 8Bullet2

De waarschijnlijkheid van het verkrijgen van de resultaten ervan uitgaande dat beide loci zijn verbonden wordt gegeven door ((0,36) ^ 36) * ((1- (0,36)) ^ 64) = 4,19187538 * 10 ^ -29.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 8Bullet3

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 9

Bereken de kans op het verkrijgen van de resultaten ervan uitgaande dat de twee loci gekoppeld zijn. Ze worden gegeven door 0,5 ^ (NR + R). In het vorige voorbeeld is dit 0.5 ^ (64 + 36) = 0.5 ^ 100 = 7.88860905 × 10 ^ -31.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 10

Verdelen van de waarschijnlijkheid van het verkrijgen van de resultaten ervan uitgaande dat beide loci zijn verbonden (uit stap 3 hierboven), de waarschijnlijkheid van het verkrijgen van de resultaten ervan uitgaande dat de twee gekoppelde loci (stap 4). Het is bijvoorbeeld gelijk aan 4.19187538 * 10 ^ -29 / 7.88860905 × 10 ^ -31 = 53.14.

Titel afbeelding Calculate LOD Score Step 11

Neem de logaritme van de basis 10 van de vorige verkregen relatie (stap 5). Log 53,14 is bijvoorbeeld 1,73.

tips

Voor de interpretatie van de LOD-score wordt een LOD-score groter dan 3,0 als lineair bewijs beschouwd. Een LOD-score van +3 geeft aan dat 1000 tot 1 kansen zijn dat de waargenomen koppeling niet toevallig is gebeurd. Aan de andere kant wordt een LOD-score van minder dan -2,0 beschouwd als bewijs om een koppeling uit te sluiten. In het vorige voorbeeld, de LOD-score +1,73, wordt de koppeling verondersteld maar niet bevestigd. Een groter aantal gegevenspunten zal de LOD-score verhogen als de koppeling bestaat door analyse.